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根据生物肥料的特点，在使用过程中一般要求注意以下几个问题：
一是使用生物肥料要求一定的环境条件和栽培措施，以保证微生物生长繁殖所需要的环境条件，使肥料充分发挥作用；
二是生物肥料一般不能单独施用，一定要和化肥、有机肥配合施用，只有这样才能充分发挥生物肥料的增产效能；
三是在生产、运输、贮存和使用过程中注意杀菌条件。
利用土壤中一些有特定功能的细菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保护生态环境等明显的生态效益，是21世纪生态农业的首选肥料。但长期以来，由于一些菌肥效果不稳定，菌数少，无效和有害的杂菌多，细菌在土壤中成活率低，造成菌肥对作物增产的效果不理想，农民不爱使用 |
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